En la segunda temporada de la historia, denominada en el anime Naruto: Shippūden los personajes son tres años mayores y actúan acorde a esto. Las situaciones revelan una trama mucho más elaborada que no se había entrevisto en la primera parte.

Entre ambas partes han pasado tres años en los que cada uno de los personajes de la anterior etapa ha estado entrenando por el camino elegido: Naruto ha estado con Jiraiya el ermitaño, que le enseña a controlar el chakra de Kyūbi para usarlo a su favor, Sakura con Tsunade, Hokage de la aldea, estudiando medicina, y Sasuke con el renegado Orochimaru gracias al cual quiere ganar la fuerza suficiente para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás de su clan. A la vez entran en escena los miembros de la misteriosa Organización Akatsuki que desea capturar para fines revelados sólo muy avanzada la historia a todos los Bijū, monstruos muy poderosos, uno de los cuales es el que está encerrado en Naruto.





EMISION ONLINE:

PRIMERA TEMPORADA:

Capitulos 1 Y 2:



Capitulo 3:



Capitulo 4:



Capitulo 5:



Capitulos 6 Y 7:



Capitulos 8 Y 9:

Parte 1:



Parte 2 :



Capitulo 10:




Capitulo 11:



Capitulo 12:



Capitulo 13:



Capitulo 14:



Capitulo 15:



Capitulo 16:



Capitulo 17:



Capitulo 18:



Capitulo 19:



Capitulo 20:



Capitulo 21:



Capitulo 22:



Capitulo 23:



Capitulo 24:



Capitulo 25:



Capitulo 26:



Capitulo 27:



Capitulo 28:



Capitulo 29 y 30:



SEGUNDA TEMPORADA:

Capitulo 31:



Capitulo 32:



Capitulo 33:



Capitulo 34:



Capitulo 35:



Capitulo 36 y 37:



Capitulo 38:



Capitulo 39:



Capitulo 40 y 41:



Capitulo 42:



Capitulo 43:



Capitulo 44:



Capitulo 45:



Capitulo 46:



Capitulo 47:



Capitulo 48:



Capitulo 49:



Capitulo 50:



Capitulos 51 Y 52:



Capitulo 53:



Capitulo 54:



Capitulo 55:



Capitulo 56:



Capitulo 57 Y 58: